Visualisation interactive de résultats d’ACP et d’ACM avec R et explor

explor est un package récent pour R dont l’objectif est de faciliter la visualisation et l’exploration de résultats d’analyses en composantes principales (ACP) ou d’analyses des correspondances (ACM).

Son utilisation est très simple : vous effectuez votre analyse à l’aide des fonctions dont vous avez l’habitude (actuellement sont supportées les fonctions des packages ade4 et FactoMineR) et vous appliquez simplement la fonction explor() à l’objet résultat.

Voici un exemple très simple reprenant un jeu de données de FactoMineR :

library(FactoMineR)
library(explor)

data(hobbies)
res.mca <- MCA(hobbies,quali.sup=19:22,quanti.sup=23)
explor(res.mca)

Une interface devrait alors se lancer (dans RStudio si vous utilisez cet environnement, sinon dans votre navigateur Web) et qui devrait ressembler vaguement à ceci :

 

 

L’interface change selon le type d’analyse, mais l’organisation globale reste la même : un barre d’onglets en haut de page vous permet de naviguer entre l’histogramme des valeurs propres, les tableaux de résultats et les graphiques représentant variables ou individus.

L’interface présente plusieurs fonctionnalités « interactives » :

  • Vous pouvez à tout moment modifier le ou les axes représentés
  • Les tableaux de résultats sont triables et filtrables dynamiquement
  • Vous pouvez sélectionner les points à afficher selon différents critères, leur opacité, leur taille
  • Vous pouvez associer couleur, symbole ou taille des points à différentes caractéristiques

Les graphiques eux-mêmes sont interactifs :

  • Vous pouvez zoomer avec la molette de la souris et vous déplacer dans le graphique en cliquant-déplaçant
  • Des tooltips apparaissent au survol des points avec les données correspondantes
  • Vous pouvez déplacer les étiquettes avec la souris pour les repositionner
  • Le survol des éléments de légende met en valeur les éléments correspondants

Les graphiques sont « dynamiques », c’est-à-dire que les changements d’axes, de taille, de couleur ou de points affichés s’effectuent sous forme d’animations qui peuvent faciliter la visualisation.

Enfin, vous pouvez à tout moment exporter le graphique actuellement affiché au format SVG.

explor supporte pour le moment les fonctions CA, MCA et PCA du package FactoMineR, et les fonctions dudi.coa, dudi.acm et dudi.pca du package ade4. Si vous souhaitez l’essayer c’est très simple, il vous suffit de l’installer avec :

install.packages("explor")

Pour plus d’informations vous pouvez consulter :

Le projet est assez jeune, donc n’hésitez pas à faire remonter bugs ou suggestions dans les commentaires, sur GitHub ou sur la liste r-soc.