Inclure des références bibliographiques dans R Markdown à l’aide de Zotero

Cet article a pour but d’expliquer comment utiliser dans un document R Markdown (Rmd) des références bibliographiques stockées dans Zotero, afin que les citations soient automatiquement formatées comme il faut quand on rédige un document depuis R Studio (ou tout éditeur de texte) en Rmd. Pour rappel, R Markdown est un système de traitement de texte qui permet de combiner du texte et du code et donc d’articuler écriture et fabrication de tableaux, de graphiques, etc. Zotero permet quant à lui de gérer des références bibliographiques en stockant toutes les informations nécessaires à leur citation et en les organisant dans des collections. Inclure des références depuis Zotero dans un document Rmd peut se faire en quatre étapes, détaillées ci-dessous :

  1. Exporter les références en .bib depuis Zotero
  2. Déclarer le fichier contenant les références bibliographiques dans le préambule du fichier .Rmd
  3. Insérer des citations dans le document R Markdown
  4. Ajouter une section « Bibliographie »

Étape 1 : Exporter les références en .bib depuis Zotero

La première chose à faire est de sélectionner dans Zotero les références que l’on souhaite utiliser dans le document R Markdown, puis de faire un clic droit dessus. Dans le menu il faut alors choisir « Exporter les documents », puis dans « Format » sélectionner « BibLaTeX ». Cela permet de créer un fichier .bib à mettre dans le même dossier que celui dans lequel se situe le fichier R Markdown.

Dans ce fichier BibLaTeX, les références sont mises à la suite les unes des autres par blocs. Chaque bloc correspond à une référence et est identifié par une clé de citation, précédée par un mot-clé qui définit le type de document (article, livre, chapitre d’ouvrage…). Les blocs contiennent toutes les informations nécessaires à la citation, classées par type (auteur, date, revue, etc.). Par exemple, avec l’article de Pierre Bourdieu sur le capital social, cela donne :

@article{bourdieu1980,
    title = {Le capital social. Notes provisoires},
    volume = {31},
    url = {https://www.persee.fr/doc/arss_0335-5322_1980_num_31_1_2069},
    shorttitle = {Le capital social},
    pages = {2--3},
    number = {1},
    journaltitle = {Actes de la Recherche en Sciences Sociales},
    author = {Bourdieu, Pierre},
    urldate = {2019-10-22},
    date = {1980}
}

@article signifie que le document est un article de revue. La clé de citation est « bourdieu1980 », c’est ce qui permettra de citer cette référence. Il est possible que par défaut Zotero génère des clés de citation pas très pratiques à utiliser. On peut les changer dans Zotero ou dans le fichier .bib. L’extension Better BibTeX permet de générer automatiquement des clés de citation faciles à utiliser, faites à partir du nom de l’auteur·ice et de l’année de publication.

Étape 2 : Déclarer le fichier de bibliograhie dans R Markdown

Dans le préambule du fichier R Markdown, il faut ensuite ajouter une ligne indiquant bibliography: fichier.bib (en remplaçant “fichier” par le nom de votre fichier créé à l’étape précédente). Par exemple :

---
title: "Article très intéressant"
author: "Camille Noûs"
date: "27 janvier 2022"
output: pdf_document
bibliography: fichier.bib
---

Si vous avez besoin d’ajouter une référence, il faudra l’ajouter dans le fichier .bib créé précédemment. Cela peut-être fait manuellement, mais on peut aussi re-sélectionner toutes les références qui nous sont utiles et les ré-exporter en gardant le même nom de fichier. Cela peut paraître un peu contraignant mais c’est très rapide, surtout si on range dans une collection Zotero toutes les références qui nous servent à rédiger notre document.

Étape 3 : Citer

Au fil de votre texte, si vous avez besoin de citer un auteur, il suffit d’écrire sa clé de citation entre crochets et précédée d’un arobase. Par exemple :

Le capital social peut être considéré comme une ressource individuelle possédée par les individus [@bourdieu1980].

Cela donnera :

Le capital social peut être considéré comme une ressource individuelle possédée par les individus (Bourdieu 1980).

Il est possible de citer uniquement l’année de publication en ajoutant un signe moins devant la clé de citation :

Selon Pierre Bourdieu, le capital social peut être considéré comme une ressource individuelle possédée par les individus [-@bourdieu1980].

Selon Pierre Bourdieu, le capital social peut être considéré comme une ressource individuelle possédée par les individus (1980).

On peut également citer au fil du texte, sans parenthèses. Pour cela il suffit d’enlever les crochets :

Selon @bourdieu1980, le capital social est une ressource individuelle.

Selon Pierre Bourdieu (1980), le capital social est une ressource individuelle.

Enfin, pour citer plusieurs auteurs en même temps, il faut séparer les clés de citation par un point-virgule :

Le capital social peut être défini comme une ressource apportée par notre réseau de relations [@granovetter1973;@burt1995].

Le capital social peut être défini comme une ressource apportée par notre réseau de relations (Granovetter 1973; Burt 1995).

Étape 4 : Ajouter une section bibliographie

En théorie, une fois que vous avez fait tout ça, les références bibliographiques citées apparaîtront à la fin du document exporté. Il peut être utile d’ajouter un titre à la bibliographie, en écrivant # Bibliographie ou # Références à la dernière ligne de votre document. Il est également possible d’ajouter des références que vous n’avez pas citées explicitement dans le document mais qui se trouvent dans votre fichier .bib. Pour cela, il faut rajouter une ligne au préambule du fichier Rmd :

---
nocite: '@*'
---

 

Il n’y a plus qu’à exporter votre document (par exemple dans RStudio, avec le bouton “knit”), et le tour est joué !

Le fichier Markdown et la bibliograhie .bib utilisés pour écrire cet article sont disponibles dans ce dossier partagé. On peut exporter le document Markdown en html depuis RStudio en utilisant le fichier .Rmd (en fait c’est le même fichier que le .md, comme il n’y a pas de code R dans cet article on peut l’utiliser comme un fichier Markdown classique).

Références

Bourdieu, Pierre. 1980. « Le capital social. Notes provisoires ». Actes de la Recherche en Sciences Sociales 31 (1): 2‑3. https://www.persee.fr/doc/arss_0335-5322_1980_num_31_1_2069.

Burt, Ronald S. 1995. « Le capital social, les trous structuraux et l’entrepreneur ». Revue française de sociologie 36 (4): 599‑628. https://doi.org/10.2307/3322448.

Granovetter, Mark. 1973. « The Strength of Weak Ties ». The American Journal of Sociology 78 (No. 6): 1360‑80.

Xie, Yihui. 2022. « 2.8 Citations ». In Bookdown: Authoring Books and Technical Documents with R Markdown. https://bookdown.org/yihui/bookdown/citations.html.

Xie, Yihui, Christophe Dervieux, et Emily Riederer. 2022. « 4.5 Bibliographies and Citations ». In R Markdown Cookbook. https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/bibliography.html.


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Citer ce billet
Guillaume Collain (2022, 8 février). Inclure des références bibliographiques dans R Markdown à l’aide de Zotero. QUANTI / Sciences sociales. Consulté le 21 juin 2024, à l’adresse https://doi.org/10.58079/t4c6

Guillaume Collain

Étudiant en master de sociologie à l’Université Grenoble Alpes.

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Guillaume Collain

Étudiant en master de sociologie à l’Université Grenoble Alpes.

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2 réponses

  1. Merci pour ce billet de blog.

    Je me permets de signaler que ce processus peut être fortement simplifié aujourd’hui avec les dernières version de RStudio.

    En effet, depuis la version 1.4, RStudio propose un éditeur visuel RMarkdown : https://www.rstudio.com/blog/rstudio-v1-4-preview-visual-markdown-editing/

    Or, cet éditeur visuel inclue un système d’insertion de références bibliographiques. Et si Zotero est installé, RStudio peut directement consulter Zotero et importer les références insérées (mettant ainsi à jour au fur et à mesure le fichier BibTeX associé au document R Markdown). Plus d’informations ici : https://www.rstudio.com/blog/rstudio-1-4-preview-citations/

    • Guillaume Collain dit :

      Merci beaucoup pour votre commentaire !

      En effet, cela semble faciliter la tâche d’insertion de références bibliographiques. Je n’avais pas connaissance de cette possibilité car je n’utilise pas RStudio, mais c’est sans doute une manière beaucoup plus accessible de prendre en main l’écriture de documents avec des références en Rmarkdown.

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